Z punktu widzenia turystyki najatrakcyjnieszymi rejonami Mazur są same jeziora pochodzenia polodowcowego, których liczba wynosi około 2700 o powierzchni powyżej 1 ha. Większość z nich idealnie nadaje się do uprawiania sportów wodnych, głównie ze względu na krystalicznie czystą wodę. Największe skupisko tworzą tzw. Wielkie Jeziora Mazurskie, położone między Giżyckiem, Dyszem, Piszem, Mikołajkami a Rynem.

Oto spis największych jezior według ich wielkości (powierzchni):

Śniardwy, pow.(109,7 km2), głęb. (23,4 m)
mezoregion – Kraina Wielkich Jezior
Mamry, pow.(102,4 km2), głęb.(44 m)
mezoregion – Kraina Wlk. Jezior
Jeziorak, pow.(32,3 km2), głęb.(12 m)
mezoregion – Pojezierze Iławskie

Jeziora według głębokości:

Hańcza, głęb.(108 m)
mezoregion – Pojezierze Suwalskie
Wigry, głęb.(73 m)
mezoregion – Równina Augustowska
Wuksniki, głęb.(64 m)

Wśród jezior Pojezierza Mazurskiego wyróżniamy dwa zasadnicze typy:

jeziora rynnowe
jeziora morenowe